Мережа закладів загальної середньої освіти задовольняє потреби територіальної громади міста.

На початок 2020/2021 н.р. у 17-ти закладах загальної середньої освіти комунальної форми власності сформовано 274 класи та здобувають освіту 7184 учні. У тому числі: закладів загальної середньої освіти І-ІІ ступенів – 3 (414 учнів); гімназії – 4(845 учнів); закладів загальної середньої освіти І-ІІІ ступенів – 7 (4334 учні); гімназія №3( як заклад І-ІІІ ступенів) – 796 учнів; ліцей –  (267 учнів); навчально-виховних комплексів – 1 (528 учнів).

Середня наповнюваність класів ЗЗСО становить 26,2 осіб.

Інституційна форма освіти організована для 7098 учнів. З них 24 учня - на інклюзивному навчанні. Кількість учнів, які здобувають освіту на  індивідуальній формі навчання  збільшилась до 86 учнів (18 учнів отримують загальну середню освіту вдома за сімейною формою, 68 учнів станом на кінець 2020 року мають педагогічний патронаж).

У 2020/2021 н. р.  кількість учнів з особливими освітніми потребами зросла до 60. Відповідно розширюється мережа класів з інклюзивним навчанням.

        З метою створення в місті оптимальної мережі навчальних закладів, яка б реально враховувала освітні запити територіальної громади, забезпечувала ефективне використання фінансових, матеріально-технічних та кадрових ресурсів, Управлінням освіти був розроблений Перспективний план розвитку мережі закладів освіти Ніжинської міської ОТГ на 2020-2023 роки.

Результатом  проведеної роботи  у 2020 році є приведення установчих документів  ще 2 закладів загальної середньої освіти до вимог Законів України «Про освіту», «Про повну загальну середню освіту». У квітні 2020 року рішеннями Ніжинської міської ради  VII скликання від 29 квітня 2020 р. № 55-72/2020 та № 56-72/2020 Ніжинські  загальноосвітні школи І-ІІІ ступенів №№ 5 та 6 перейменовані у гімназії.